2015년 10월 17일 토요일

지방세상 수익사업 범위와 비과세 해설

지방세상 수익사업 범위와 비과세 해설



Ⅰ. 의 의

지방세에 있어서 종교, 자선 등 비영리단체에 대하여 일정한 경우에 비과세를 하고 있으나 비영리단체라고 하더라도 수익사업을 영위함으로서 소득이 발생하고 있는 경우에는 납세하도록 하고 있다. 그래서 지방세법 제107조제1호의 규정에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년 또는 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과하는 것이다.
따라서 제사, 종교 등 비영리사업자가 공익사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세가 비과세되는 것이나 첫째, 중과세대상물건을 취득하거나, 둘째, 수익사업에 사용할 때 셋째, 정당한 사유 없이 유예기간(1년 또는 3년) 이내에 그 사업에 사용하지 아니한 경우 및 넷째, 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 비과세 하지 아니한다. 비영리사업자가 수익사업을 하는 경우 비과세가 배제되므로 취득당시 목적사업에 사용하기 위하여 비과세를 받은 후 수익사업을 영위하는 경우에는 그 부분에 해당되는 부동산에 대하여는 추징대상에 해당하기 때문에 사후관리가 필요하다. 여기서 비영리단체 등의 수익사업의 범위는 발생의 원천을 기준으로 판단하여야 하는지 아니면 수익발생원천에 불구하고 수익을 그 구성원이 나누어가지는지 여부에 따라 수익사업의 범위를 결정하는가는 별개의 문제로 보고 있어 수익의 원천을 기준으로 납세능력이 있는 것으로 보아 지방세를 비과세 대상에서 배제하고 있는 것이다.

Ⅱ. 수익사업의 범위

지방세법상 비영리사업자에 대하여 취득하는 부동산 등에 대하여 비과세를 배제하는 수익사업의 범위에 대하여는 지방세법시행령제78조의2제1항에서 「법인세법」 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 인용하고 있다. 따라서 수익사업인지 여부를 판단하는 기준으로 법인세법 제3조제2항 의 규정에 따라 판단하여야 하며 그 범위는 다음과 같다.

 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입("수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것
2. 소득세법 제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익
3. 소득세법 제17조제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 경우 제외)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 「소득세법」 제46조제1항의 규정에 의한 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것을 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)

따라서 비영리사업자가 영위하는 수익사업의 경우 임대업이나 유료교육강좌등을 하는 경우 수익사업에 해당되는 지 여부가 관건이 되는 경우가 대부분이다. 이 경우 법인세법상 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업등에 해당되기 때문에 수익사업에 해당되어 비과세 대상에서 제외되는 것이다. 예를 들면 복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업을 위하여 실비 외의 ‘수강료’ 또는 ‘이용료’ 등을 수수하는 사업을 하는 경우에는 수익사업에 해당되는 것이다.
그러나 지방세법 제288조제5항의 규정에 의거 장학단체등의 경우에는 임대사업을 영위하더라도 장학금을 지급할 목적으로 임대용 부동산을 취득하여 이미 취득세 등을 감면받았다고 하더라도 추징하지 아니한다.

[사례] 임대용 부동산 추징 판단
학교의 고유목적에 사용하기 위해 대학교내에 대공연장을 건축하여 취득 등기하면서 취득세와 등록세를 비과세 받았으나, 당해 대학교서 취득한 대공연장을 제3자와 임대차계약을 체결한 후 동 임차자가 임대료를 받고 운영하면서 학교가 아닌 일반인에게도 유상으로 임대하는 경우라면 학교의 고유목적에 직접사용하는 부동산에 해당한다 할 수 없으므로 기 비과세한 취득세와 등록세는 추징대상임(행자부 세정-3209, 2006. 7. 24)

[판례] 수익사업의 범위 판단
1. 우선, 사회복지사업법 제2조 (정의) 제1항에‘복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업’도 ‘사회복지사업’의 개념에 포함시키고 있지만, 상고이유의 주장과 같이‘법인이 목적사업의 경비에 충당하기 위하여 법인의 설립 목적 수행에 지장이 없는 범위 안에서 하는 수익사업’을 두고 위‘복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업’으로서 사회복지사업에 해당된다고 볼 수는 없다. 
2. 한편, 어느 사업이 위와 같이 재산세 등의 비과세대상에서 제외되는 수익사업에 해당하는지의 여부는 그 사업이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하면서 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 하고(대법원 1997. 2. 28. 선고 96누14845 판결 등 참조), 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결 등 참조). 특히 사회복지법인의 경우에는 사회복지사업법 제44조 (비용의 징수) 등의 규정에 비추어 그 혜택을 받은 본인 등으로부터 비용의 전부 또는 일부를 징수하는 것이 아닌 경우 즉, 실비 외의 ‘수강료’또는‘이용료’등을 수수하는 사업의 경우에는 특별한 사정이 없는 한 수익을 목적으로 하는 것으로 보아야 한다.
원심이 대체로 같은 법리를 전제로 하면서 이 사건 유료교육강좌의 이용대상이 일반인들에게 개방되어 있으면서 운용시간 또한 일반 영리목적의 시설과 같게 편성되어 있고, 특히 원고는 위 유료교육강좌 등을 통하여 그 판시와 같은 각 영업수익을 얻어 이를 대부분 이자 납부, 부채 변제, 복지관 운영비 등의 항목으로 사용하였으며, 그 수강료 및 이용요금은 피고 등으로부터의 상당한 보조금 지급에도 불구하고 다른 일반적인 시설의 수강료 및 이용요금에 비하여 크게 저렴하지 않은 점 등을 들어 이 사건 유료교육강좌가 수익사업에 해당된다고 판단한 것은 정당하다. (대법원 2005두16109, 2006. 5. 12) 

Ⅲ. 수익사업에서 제외되는 범위

지방세가 비과세대상에서 제외되는 수익사업은 법인세법상의 수익사업으로 규정하고 있으나 비록 그 수익사업에 해당되더라도 수익사업으로 보지 아니하는 부분이 있는 바, 이는 지방세법상 수익사업의 범위에서 제외하고 있는 부분과 법인세법상에서 수익사업의 범위에서 제외하고 있는 부분으로 구분된다.

1. 지방세법상 수익사업 제외범위

지방세법상 수익사업의 범위에서 제외하고 있는 사업은 다음과 같다

1. 「고등교육법」 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학등의 부속병원이 경영하는 의료업
2. 「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업

따라서 의과대학등의 부속병원이 경영하는 의료업과 사회복지법인이 경영하는 의료업을 영위하는 부분은 비과세 대상에 해당되나 동 부속병원내에 매점등 임차하는 경우나 장례식장등과 같이 부속병원의 의료업에 해당되지 아니하는 사업을 영위하는 경우에는 그 부분에 대하여는 안분하여 비과세대상에서 제외하여야 하는 것이다.

[사례] 장례식장의 비과세 대상 범위
대학의 의과대학 부속병원 장례식장을 제3자에게 임대하여 운영하지 않고 학교법인이 직접 경영하는 경우라 하더라도 동 대학내에 장례학과가 설치되어 있고 장례식장 운영과 실제 등에 대한 강의시간 편성 및 이에 따른 장례학과 학생들의 실습실로 사용되고 있다면 이는 학교의 필수부대시설인 교육용부동산으로 보아 취득세 등의 비과세 대상이 된다 할 것이나, 단순히 학교법인이 장례식장을 운영한다는 사실만으로는 상기 규정에 의한 비과세 대상이 되지 않는 것임(행자부 세정-511, 2006. 2. 3)

2. 법인세법상 수익사업 제외범위

법인세법상 수익사업의 범위에서 제외하고 있는 사업은 다음과 같다

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업
2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)
2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역
3. 교육서비스업중「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학을 경영하는 사업
4. 보건 및 사회복지사업중「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업
5. 연금 및 공제업중 다음 각목의 사업
가.「국민연금법」에 의한 국민연금사업
나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기 금조성 및 급여사업에 한한다)
6. 사회보장보험업 중「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중「부가가치세법」 제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 금융 및 보험 관련 서비스업중 다음 각목의 사업
가.「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업
나.「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」및「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
다.「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
라.「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 의한 부실채권정리기금을 통한 부실채권 인수 및 정리와 관련된 사업
마.「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
바.「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
9.「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업
10. 당해 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 
1. 교육서비스업중 「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학을 경영하는 사업
유치원, 초중등학교 및 대학교 등을 경영하면서 수업료 등을 징수하여 수익이 발생하는 경우에는 이를 수익사업에서 제외하는 것이다. 그 외에도 「평생교육법」에 의한 원격대학을 경영하는 사업에 대하여도 수익사업으로 보지 아니하는 바, 이는 정보통신매체를 이용하여 특정 또는 불특정 다수인에게 원격교육을 실시하거나 다양한 정보를 제공하는 등의 평생교육을 실시하는 경우에 해당되는 것이다.「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 사업중 산학협동사업을 영위하는 경우에도 수익사업으로 보지 아니하게 되는 것이다. 
학교기업을 학교법인과 별도의 사업자로 보아 영리사업을 주된 사업으로 하는 경우에는 취득세 등 비과세를 적용 제외하는지 아니면 학교기업은 영리사업을 주된 활동을 하더라도 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의거 설치되고 그에 기하여 수익사업을 하였다고 하더라도 법인세법시행령에서 규정된 바와 같이 「고등교육법」에 의한 학교가 영위하는 사업에 해당되는 것이라면 비과세 대상으로 볼 수가 있는가?

(1) 학교기업의 별도의 사업자 여부 판단
학교법인이 특정학과의 현장실습교육을 위하여 외부 불특정인을 대상으로 미용학과의 경우와 같이 미용실습등 특정의 용역을 제공하는 경우 그 특정 용역의 대가로 요금을 받도록 학교내 실습장을 별도의 사업장으로 보아 비영리사업자의 대상에서 제외 할 수가 있는 지에 대하여 학교 조직의 일부로서 운영되는 경우라면 별도의 사업장으로 볼 수가 없는 것이다.
따라서 학교 등 산업교육기관은 학생 및 교원의 현장실습교육과 연구에 활용하고, 산업체등으로의 기술이전 등을 촉진하기 위하여 학생·교원 등 학교구성원의 의견을 들어 특정의 학과 또는 교육과정과 연계하여 직접 물품의 제조·가공·수선·판매, 용역의 제공 등을 행하는 부서등 학교기업을 둘 수 있고 그 사업활동으로 인하여 부수적으로 실비를 징수할 수가 있는 것이다. 이와 같이 학교의 일부로서 학교기업이 영위하는 사업은 학교 그 자체가 운영하는 것이라고 보아야 한다.

(2) 학교기업의 사업과 수익사업의 범위
학교기업이 교육과정과 연계하여 직접 물품의 제조·가공·수선·판매, 용역의 제공 등을 행하는 과정에서 수익이 발생하더라도 그 수익이 있다고 하더라도 고등교육법 등에 의거 학교가 경영하는 사업에 해당되는 경우에는 법인세법시행령 제2조제1항의 규정에 의거 수익사업에서 제외되는 것이다. 
이와 같이 학교기업이 영위하는 수익사업이 비록 교육기관을 운영하는 과정에서 발생되는 것이라면 그 수익은 법인세법에 의거 수익사업으로 보지 아니하는 것이므로 대학교를 영위하는 사업을 한국표준산업분류기준에 의거 살펴보면 대학교는 “중등교육 교과과정을 수료한 사람에게 전공분야에 관해서 이론적인 면에 중점을 두어 조사·연구하게 하고 자격 및 학위를 부여하는 교육기관을 말하고 특수목적에 의하여 설립된 고등교육 기관도 포함된다”라고 규정되어 있는 것이다. 따라서 이와 같은 교육사업을 영위하는 과정에서 부수적으로 수익이 발생하는 경우라면 학교기업이 영위하는 사업에서 발생되는 수익도 법인세법에서 규정하고 있는 수익산업의 범위에서 제외하고 비과세 대상으로 보아야 한다. 

2. 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업
사회복지사업이라 함은 다음 각목의 법률에 의한 보호·선도 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담·부랑인 및 노숙인보호·직업보도·무료숙박·지역사회복지·의료복지·재가복지·사회복지관운영·정신질환자 및 한센병력자 사회복귀에 관한 사업 등 각종 복지사업과 이와 관련된 자원봉사활동 및 복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업을 말한다. 그 범위는 아동복지 등 이에 해당하는 사회복지사업을 말한다.

[사례] 사회복지법인의 수익사업의 비과세 적용
지방세법 제107조제1호와 동법시행령 제79조제1항제3호 및 동법 제127조제1항에서 사회복지법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 용도에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세와 등록세를 비과세 하나 수익사업에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있고, 법인세법시행령 제2조제1항 및 그 제2호에서 보건 및 복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하고 있는 바, 사회복지사업법에 의하여 설립된 시회복지법인인 ○○사 
○○원의 법인정관상 고유목적사업인 비구니스님을 대상으로 양로시설을 운영하면서 입주보증금(평생생활비) 및 관리비 명목으로 일정금액을 받은 것은 상기 규정에 의한 수익사업에 해당되지 않는다고 보아야 할 것임(행자부 세정-1590, 2006. 4. 19)

3. 종교단체가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 「문화재보호법」의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재를 제외한다)를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체에 한한다)의 경내지 및 경내지내의 건물과 공작물의 임대용역사업에 대하여는 수익사업으로 보지 아니한다.

4. 고유목적사업에 사용된 고정자산 처분수익 
당해 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

[판례] 수익사업의 범위 판단
구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 제184조 제1호, 제234조의12 제2호 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결, 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).
기록과 원심판결에 나타난 원고가 이 사건 건물(지하 1층 지상 7층)을 신축한 목적 및 이 사건 건물의 관리를 그 시공사인 00건설 주식회사(이하 “00건설”이라 한다)에게 위탁하게 된 경위, 이 사건 건물 중 학생 및 교수식당, 은행, 서점, 문구점, 편의점, 안경점, 사진관, 레스토랑, 호프집, 당구장, 만화방 및 노래방 등으로 사용되고 있는 지하 1층과 지상 1층 시설부분(이하 ‘쟁점부분’이라 한다)의 설치장소, 대상고객, 취급업종, 이용요금 및 그 운영실태, 위 위탁관리로 인한 수익금의 지출용도 등 제반 사정을 참작할 때, 원심이 쟁점부분은 원고가 운영하는 ○○대학교 ○○캠퍼스의 기숙사 거주학생과 일반학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 원고가 수행하는 교육사업에 사용되는 것이라 할 것이고, 비록 원고가 ○○건설로 하여금 쟁점부분을 위탁관리하도록 하고 ○○건설로부터 학교발전기금 등의 상당한 금원을 지급받기로 하였다고 하더라도, 쟁점부분이 위와 같이 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운용되고 있고 그 위탁관리계약에 의하여 그로부터의 이탈이 엄격히 통제되고 있으며, 달리 임대사업으로서의 수익성이 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이라고 볼 증거가 없는 이상, 위와 같은 금원의 취득으로 인해 쟁점부분의 사용이 수익사업으로 되는 것은 아니라고 판단한 것은 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 수익사업에 관한 사실오인 등의 위법이 있다고 할 수 없다.(대판2004두9265,2006.1. 13.)

Ⅳ. 감면대상법인의 직접사용 부동산 범위

지방세법 제5장에서 규정하고 있는 감면 법인에 대하여 수익사업을 영위하고 있다고 하더라도 감면을 하고 있다. 그러나 이들 감면 법인의 경우에도 그 사업에 직접사용하는 부동산에 한정하여 감면을 하기 때문에 그 사업에 직접사용하지 아니하는 경우에는 추징대상에 해당한다. 여기서 고유업무의 범위에 대하여는 지방세법 제266조제5항에서「농업협동조합법」에 의하여 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다.)에 대하여는 취득세, 등록세 등을 경감하고 있는바, 고유업무에 직접사용을 어떻게 볼것인가가 쟁점이다.

1. 직접사용의 범위

예를 들면 신용협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하는 경우라 함은 신용협동조합이 당해 부동산에 대하여 직접 사용권을 행사하는 것을 의미하는 것인지 아니면 그 구성원을 위하여 고유업무에 제공되는 사업에 공여되는 경우에도 이에 포함되는가?

지방세법상 「직접사용」의 개념에 대하여는 별도의 명문의 해석규정은 없으나, 비영리사업자나 법인이 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면을 배제하거나 중과세하는데 여기서 그와 같은 과세처분을 하는 기준은 어떻게 정할 것인가가 쟁점사항에 해당한다.
① 직접사용을 당해 부동산소유법인이 그 부동산의 「사용권을 행사하는 것으로 보는 견해」이다. 이는 직접사용의 주체는 소유권자가 되고 그 객체는 해당 부동산이 되며, 사용용도 및방법은 고유목적이 되기 때문에 직접사용의 의미는 소유권의 주체가 당해 부동산에 대한 사용권을 행사하는 데 고유목적이라는 용도로 사용하는 것을 의미한다 할 것이다.
② 직접사용을 사용권과는 관계 없이 「목적사업에 공여되는 것으로 보는 견해」이다. 사용권을 가진 주체가 목적사업에 공여하는 경우를 직접사용으로 보는 것이기 때문에 사용권과는 전혀 관계 없고 그 고유업무만을 기준으로 당해 법인의 목적사업에 공여되어 이를 직접 사용되는 경우를 의미한다.
이에 대하여 대인적 감면에 대하여는 원칙적으로 소유권의 주체가 직접 사용권을 행사하여야 감면대상에 해당되는 것이나 구성원으로 하여금 사용하게 하는 경우에는 전적으로 사용하는 경우에 한정하여 직접사용으로 판단할 수가 있으나 관련 규정에서 일부 사용하는 경우에도 고유업무에 직접사용으로 인정하는 경우에는 이에 따라서 판단하여야 할 것이다. 

[판례] 고유목적 사업의 범위
‘행정관청으로부터 인허가를 받은 업무’라 함은 목적사업 자체가 인허가 대상이 되는 경우의 것을 말하는 것이지, 목적사업을 수행하는 과정에서 그 수단으로 인허가를 받아야 하는 경우의 것을 말하는 것이 아니다.(대법원2005. 6. 24. 선고 2003두3857)

[사례] 신용협동조합의 직접사용 범위
지방세법 제272조제3항에서「신용협동조합법」에 의하여 설립된 신용협동조합이 동법 제39조제1항제1호 제2호 및 제4호의 규정에 의한 업무(이하 생략)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 하고, 신용협동조합법 제39조제1항 제2호는 복지사업을 신용협동조합의 목적사업으로 규정하고 있음. 신용협동조합법시행령에서 비조합원의 이용에 대한 특별한 규정을 두고 있지는 아니하나 당해 가스충전소의 매출액중 조합원 비중이 전체의 74.7%에 달하고, 조합원에 대한 매출액의 일부
를 조합원에게 판매장려금으로 환급하고 있음을 볼 때 비조합원에 대하여 사실상의 가격차별을 하고 있다고 할 수 있으므로 가스충전소는 「신용협동조합법」제39조제1항제2호에서 규정한 신용협동조합의 복지사업에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보아 취 등록세 면제대상 이라고 보는 것이 타당할 것임(행자부 세정-2653, 2006. 6.27)

2. 구성원의 복지사업과 직접사용관계

구성원을 위하여 사용되는 경우라면 전적으로 구성원을 위하여 사용되어야 하는 지 아니면 일부의 구성원이 사용하는 경우에도 이에 포함되는가 ?
그리고 회원의 후생복지를 위한 사업이라고 하더라도 정관목적에 규정되어 있으면 그 자체가 목적사업에 해당되는 것이나 목적사업에 임대업이 등재되어 있는 경우에는 비록 법인등기부상 정관목적사업이라고 하더라도 임대용으로 사용하고 있으면 감면대상에서는 제외되는 것이다. 또한 법인의 목적사업에 구성원의 후생복리를 사업목적으로 하는 경우에는 그 후생복리사업의 범위를 어디까지 인정하여야 하는가에 대한 판단으로서 조합의 경우 조합의 구성원인 조합원의 후생복리 목적으로 예식장업, 목욕탕업, 주유소업 등을 영위하는 경우 이를 인정하는 데는 조합원의 후생복리를 위하여 사용되어지는 부동산인지 여부를 판단하여야 하는 것이고 불특정다수인이 이용하는 경우라면 이에 해당되지 아니한다고 보아야 할 것이다. 그러나 이와 같은 판단기준은 수익금과 이용자 등을 고려하여 주로 사용되고 있는지 여부로서 판단하여야 할 것이다.
따라서 관련 규정에서 당해사업을 비조합원에게 이용하게 하는 것도 허용하면서 다만 일정사업에 대하여는 정관으로 비조합원의 이용을 제한할 수 있도록 규정하고 있는 것뿐이므로, 어느 사업에 대하여 비조합원이 조합원과 다름 없이 이를 이용하는 것이 허용되어 있다고 하더라도 관련법규와 정관에 합치되는 한 이를 영리목적을 위한 사업이라고 단정할 수 없다고 할 것이다.( 대법원 1993.5.14. 선고 92누10630 판결 참조)

[판례] 농협의 구판사업용 부동산의 직접 사용 판단
1. 농업협동조합법은 농민의 자주적인 협동조직을 통하여 농업생산력의 증진과 농민의 경제적, 사회적 지위향상을 도모함으로써 국민경제의 균형있는 발전을 기함을 목적으로 한다(제1조)고 규정하여 농업협동조합(이하 조합이라고 한다)의 설립목적을 규제하고 있고, 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하지 못한다(제5조 제2항)고 규정하여 그 업무범위에 대한 한계를 설정하고 있으나, 동법 제58조(특수농업협동조합에 대하여는제126조)는 조합의 목적달성을 위한 사업범위를 열거하고 있고, 그중에는 구매사업, 판매사업, 신용사업등의 수익사업을 할 수 있도록 되어 있는바, 위 법이 금지하는『영리 또는 투기 목적의 업무』라 함은 조합 자체의 이윤획득 또는 잉여금 배당목적의 업무를 말하고 이는 구성원인 조합원을 대상으로 하여 조합의 영리목적으로 사업을 해서는 안 되는 것과 조합원과 관계없는 사업경영으로 조합 자체의 영리를 도모하는 것을 금지하는 취지라고 해석되고, 또한 위 법은 사업을 비조합원에게 이용하게 하는 것도 허용하되, 다만 일정사업에 대하여는 정관으로 비조합원의 이용을 제한할 수 있도록 규정하고 있는 것뿐이므로(제59조 제1항), 어느 사업에 대하여 비조합원이 조합원과 다름 없이 이를 이용하는 것이 허용되어 있다고 하더라도 농업협동조합법규와 정관에 합치되는 한 이를 영리목적을 위한 사업이라고 단정할 수 없다고 할 것이다.
2. 원심이 채택한 석유류 연도별 공급량집계표는원고가 과세요건 발생 당시의 과세유류에 대한 조합원과 비조합원에 대한 구체적인 판매기록이 없어 부득이 과세유류에 한하여 조합원의 가정용 유류 사용기기를 일일이 조사한 후 그 사용량을 추정하여 조합원의 사용량 비율을 추산한 것으로 그 집계방식에 합리성이 있어 원심의 조치가 수긍이 되고, 또한 기록에 나타난 면세유류 사용량과 과세유류 사용량의 비율에 비추어 보면, 1986, 1987년도의 조합원에 공급한 면세유류 사용금액(갑 제10호증의 1)이 각 전체 공급량의 30%를 상회하므로 나머지 과세유류 사용금액을 피고가 주장하는 원고 관내의 비조합원 비율인 40%(기록 192면)에 따라 계산하더라도 비조합원의 이용분은 28% 미만으로 정관에서 정한 전체 이용량의 1/3에 미달하고 보면 원심의 판단은 결과에 있어 옳다. ( 대법원 1993.5.14. 92누10630 판결 )

[사례] 농협 운영 마켓에 대한 감면 적용 범위
농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세 등을 면제하나, 그 취득일 부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 농업협동조합법 제57조제1항제2호 가목 및 나목에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 조합원의 사업
과 생활에 필요한 물자의 구입 제조 가공 등의 사업과 조합원이 생산하는 농산물의 제조 가공 판매  수출 등의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하고 있으며, 동법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌자에게 그 사업을 이용할 수 있되, 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다) 바목 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 정관 제63조제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우에는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의1을 초과할 수 없다고 규정하고 있는 바, 파머스마켓의 소매점으로 사용되는 분분이 당해 농업협동조합의 고유목적 사업에 직접사용 하는 것으로 볼 수 있는지 여부는 과세권자가 상기 규정의 농업협동조합법과 당해 농업협동조합 정관 및 비조합원의 사업이용량이 전체 이용량의 3분의1 이내에 해당되는지 여부등을 종합적으로 검토하여야 함(행자부 세정-195, 2006. 1. 17)

[사례] 농협협동조합의 감면 범위 판단
파머스마켓의 소매점으로 사용되는 부분이 당해 농업협동조합의 고유목적 사업에 직접사용 하는 것으로 볼 수 있는지 여부는 농업협동조합법과 당해 농업협동조합 정관 및 비조합원의 사업이용량이 전체 이용량의 3분의1 이내에 해당하는지 여부와 같은 취지의 지방세심사결정(제2004-397호 2004. 12. 29)을 참고하여 과세권자가 면제대상 여부를 결정할 사항임(행자부 세정-943, 2006. 3. 9)

[사례] 하나로 마트에 대한 지방세 감면 적용 판단
지방세법 제290조 제2항 본문 및 제1호에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 그 고유사무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 동 규정에서의 "고유사무에 직접사용"이라 함은 부동산의 사용용도가 법령 또는 법인등기부상에 규정된 당해 법인의 공익성을 띤 고유의 목적사업 그 자체에 직접사용되는 경우만을 의미한다 하겠으므로, 조합이 부동산을 취득하고 농업협동조합법에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무에 직접사용한다면 취득세 등의 감면대상에 해당된다고 보아야 하겠으나, 청구인이 운영하고 있는 ○○○마트는 일반판매시설과 마찬가지로 조합원ㆍ비조합원 구분없이 불특정다수인을 상대로 영업을 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없을 뿐만 아니라, 평상시 조합원과 비조합원의 이용과정에서 이를 구분할 수 있는 장치가 마련되어 있지도 아니하는 등 일반판매사업자의 판매시설과 비교하여 차이가 있다고 보기는 어렵다 하겠고, 청구인이 제출한 ○○○마트 이용고객 출구조사결과는 이 사건 심사청구 이후 단 1일 실시한 자체조사에 불과하다는 점에서 판매시설(○○○마트) 이용자 중 비조합원 비율이 3분의 1을 초과하고 있지 아니하다는 주장을 뒷받침할 만한 객관적인 증거로 인정하기는 어렵다 할 것이며, 회원카드 이용실적 역시 이와 달리 볼 수도 없다 하겠으므로 이 사건 부동산을 농업협동조합법에서 규정한 조합원의 사업과 생활을 위한 판매시설로서 고유사무에 직접사용되는 부동산이라고 볼 수는 없는 것임(행자부 심사2004-333, 2004.10.27.)

[사례] 신용협동조합의 직접사용 범위
지방세법 제272조제3항에서「신용협동조합법」에 의하여 설립된 신용협동조합이 동법 제39조제1항제1호 제2호 및 제4호의 규정에 의한 업무(이하 생략)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록하고, 신용협동조합법 제39조제1항제2호는 복지사업을 신용협동조합의 목적사업으로 규정하고 있음. 신용협동조합법시행령에서 비조합원의 이용에 대한 특별한 규정을 두고 있지는 아니하나 당해 가스충전소의 매출액중 조합원 비중이 전체의 74.7%에 달하고, 조합원에 대한 매출액의 일부를 조합원에게 판매장려금으로 환급하고 있음을 볼 때 비조합원에 대하여 사실상의 가격차별을 하고 있다고 할 수 있으므로 가스충전소는 「신용협동조합법」제39조제1항제2호에서 규정한 신용협동조합의 복지사업에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보아 취 등록세 면제대상 이라고 보는 것이 타당할 것임(행자부 세정-2653, 2006. 6.27)

Ⅴ. 수익사업과 비과세 추징

지방세법상 비영리사업자가 그 고유업무에 직접 사용하는 부분에 대하여는 취득세 등을 비과세하지만 수익사업에 사용하는 부분에 대하여는 비과세 대상에서 제외된다.

1. 비영리 사업자의 범위

지방세법상 비영리사업자의 범위는 지방세법시행령 제79조 제1항의 규정에 정하고 있는바, 그 범위는 다음과 같다. 

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
2.「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체
3.「사회복지사업법」의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인
4. 양로원·보육원·모자원·한센병자치료보호시설등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회
5. 「정당법」에 의하여 설립된 정당 

여기서 쟁점되는 부분을 보면 『각급 학교를 경영하는 자』를 해석함에 있어서 부동산 취득시점에서 취득세 등 비과세여부를 판단하게 되는데 납세의무 성립일(예: 취득시점)에서 사실상 각급학교를 경영하고 있어야 비과세 혜택이 부여되는 것이지 각급학교를 경영하고 있지 아니한 경우에는 비과세 대상에서 제외되는 것이다. 또한 제사를 목적으로 하는 단체에 종중이 이에 포함되는지 여부가 문제가 제기되나 종중의 경우 제사를 목적으로 하는 단체에는 포함되지 아니하지만 제사용에 공여되는 제각등 부동산에 대하여는 비과세 대상에 해당한다.

[판례] 각급학교를 경영하는 자의 범위
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 위 각 규정에서 나타난 바와 같이 유치원을 설립하거나 혹은 설립자를 변경하고자 할 때에는 반드시 관할 교육감으로부터 설립인가 또는 변경인가를 받아야 하고, 설립인가(또는 변경인가) 없이 사실상 유치원을 운영하는 경우에는 형사처벌을 받게 될 뿐만 아니라 시설 폐쇄명령까지 받도록 정하여져 있는 점에 비추어 보면, 취득세(등록세) 비과세대상자 중의 하나인‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’라 함은 초·중등교육법이 정하는 바에 따라 적법한 설립인가(또는 변경인가)를 받은 자를 의미한다고 보아야 할 것이다. 원심이 같은 취지에서, 원고가 유치원의 용도로 사용되는 이 사건 부동산의 1/2지분을 취득하면서 초·중등교육법이 정하는 바에 따른 적법한 변경인가를 받지 못한 이상 취득세(등록세) 비과세대상자인‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’에 해당하는 것으로 인정할 수 없다고 판단한 조치는 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 비영리사업자인‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’의 범위에 관한 법리를 오해한 위법 등이 있다고 할 수 없다.(대판2005두2070, 2006. 1. 26.)

[사례] 종중에 대한 비과세 적용범위
지방세법 제107조제1호와 동법시행령 제79조제1항제1호에 의한 제사를 목적으로하는 비영리사업자가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 비과세 대상은 제사를 위한 제각이나 제단의 설치 등 제사에 직접 사용하는 부동산만을 말하는 것이므로 종중의 분묘기지 및 위토로 사용하고 있는 토지는 상기 규정에 의한 비과세 대상이 되지 않는 것이며, 신탁의 종료 또는 해지로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게신탁재산을 이전하는 경우 취득세 등의 비과세 대상은 신탁법에 의한 신탁과 해지시에만 적용되는 것이므로 귀문의 경우와 같이 종중원에게 명의신탁 하였다가 해지하여 종중명의로 이전등기 하는 경우에는 상기 규정에 의한 취득세 등의 비과세 대상이 되지 아니함(행자부 세정-2737, 2006. 7. 4)

[사례] 향교와 비영리 사업자 범위
지방세법 제107조와 그 제1호 및 동법시행령 제79조제1항제1호에서 "종교및 제사를 목적으로 하는 단체"를 비영리사업자로 규정한 후 동 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등이 비과세 된다고 규정하고 있는 바, 향교재산법에 의하여 유교진흥을 목적으로 설립된 향교재단(단체)은 상기 규정에 의한 비영리사업자에 해당된다 할 것이나, 향교자체가 비영리사업자에 해당되는 것은 아니라 할 것임(행자부 세정-1511, 2006. 4. 14)

[사례] 지역아동센터의 비과세 적용
사회복지사업을 목적으로 하는 단체가 지역아동센터에 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것이나, 단체가 아닌 개인이 지역아동센터를 운영하기 위하여 취득하는 부동산은 상기 규정에 의한 비과세대상이 되지 아니함(행자부 세정-992, 2006. 3. 14)

2. 무상임대와 비과세 추징 

당해 부동산이 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이므로(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결 등 참조) 무상임대하여 사용하게 하는 경우에는 법인세법상 수익사업에 해당되지 아니함으로 추징대상에 해당되지 아니하는 것이다.

[사례] 무상임대와 비과세 판단
대법원 판례는 고등교육법 등에 의한 학교를 경영하는 자가 식당 등 복지시설을 외부에 임대하더라도 그 시설을 이용하는 자가 학생 또는 교직원인 경우 수익사업이 아니라고 판시하고 있음(대법원 2006.1.13. 선고 2004두9265 판결 참조). 귀 원이 대학원생과 교직원의 복리 후생을 위해 귀 원 소유 부동산 중 일부를 외부인에게 무상임대하여 식당과 매점으로 운영하도록 하고 있다면 이는 수익을 목적으로 임대중인 부동산이 아니라 대학원생 또는 교직원의 복지에 사용하는 부동산에 해당하므로 재산세를 비과세 하는 것이 타당함(행자부 세정-2065, 2006. 5. 23)

[사례] 학교법인의 창업보육센터에 대한 감면
학교법인이 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터사업자로 지정을 받고 학교구내에 창업보육센터로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우라면 당해 창업보육센터용 부동산은 학교용부동산이 아니므로 지방세법 제107조의 규정에 의한 취득세 비과세대상에 해당되지 아니하나 지방세법 제280조 제4항의 규정에 의한 취득세 감면대상에 해당되는 것임(행자부 세정-79, 2004. 2.17) 

3. 비영리사업자와 직접사용

비영리사업자가 취득한 부동산을 직접사용하는 범위에는 당해 사업자가 직접사용하는 부분이외에 그 구성원이나 소속원등이 사용하는 경우에도 직접사용인가에 대하여 그 범위등을 고려하면 차이가 있다. 
교회 등 담임목사가 교회 구외에 숙소를 종교용으로는 보지 아니하지만 필수불가결한 존재의 인정 등으로 직접사용으로 보지만 그 외의 경우에는 구내에 소재하는 경우를 제외하고는 비과세 대상에서 제외하고 있다. 이 부분은 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하도록 하고 있다.

[판례] 학교법인의 총장 관사의 직접사용 범위 판단
[1] 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.

[2] 학교법인이 산하 대학교 총장의 관사로 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 실제로 총장이 그곳에 거주하면서 각종 업무를 보고 있는 경우, 학교법인이 위 부동산을 그 목적사업에 직접 사용하는 경우에 해당한다.(대법원 2005.12.23. 선고 2004다58901 판결 )

[사례] 종교단체의 비과세 적용 범위
종교를 목적으로 하는 단체 소유의 부동산으로서 교회경내에 있는 성직자(부목사.전도사 등) 및 관리직원의 주거용 사택은 종교용에 직접 사용하는 것으로 보아 지방세법 제107조제1호 및 동법시행령 제79조제1항제1호 규정에 의한 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것임(행자부 세정-3254, 2006. 7. 25)

[사례] 종교법인의 주차장용 토지에 대한 비과세 적용 
종교단체가 종교목적에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 3년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 않는다면 당초 비과세한 취득세와 등록세의 추징대상이 되는 것이나, 귀문의 경우가 기존교회의 주차공간 협소로 취득한 토지를 용도변경 하여 교회부설주차장으로 사용할 수 밖에 없는 상황이라면 주차장법 제19조제1항 등 관련법령의 규정에 의거 기존교회의 부설주차장이 법정규모 이하인지 여부, 교회로부터 설치할 부설주차장까지의 거리, 교회의 신도수 및 신도들의 차량보유 현황 등을 종합적으로 고려하여 교회의 집회 등 각종 종교행사를 위하여 부설주차장의 추가설치가 필수불가결한 경우라면 종교목적에 사용하는 부동산에 해당되어 당초 비과세한 취득세 등의 추징대상이 되지 아니함(행자부 세정-2738, 2006. 7. 4)

[사례] 사회복지 운영 개인에 대한 비과세 적용
지방세법 제107조제1호 및 동법시행령 제79조제1항제4호에서 사회복지사업을 목적으로 하는 단체가 아동복지시설(보육원 )등의 운영에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 비과세 하도록 규정하고 있으나, 사회복지사업을 목적으로 하는 단체가 아닌 개인이 운영하는 아동복지시설은 상기 규정에 의한 취득세 등의 비과세 대상이 되지 아니함(행자부 세정-135, 2006. 1. 12)

[사례] 의료법인의 미사용 부지의 추징 요건
지방세법 제287조 제2항의 규정에 의거 의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하나 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징토록 규정하고 있으므로 귀 의료법인의 경우 병원부지로 사용하기 위하여 토지를 취득하여 병원용으로 사용하지 아니하고 학교법인에게 증여한 경우라면 기 감면된 취득세 등의 추징대상이 됨(행자부 세정-1326, 2003. 9.30)

4. 비과세 대상 부동산의 범위

취득세 등 비과세 대상 부동산의 범위에는 간주취득도 포함할 것인가에 대하여 살펴보면 지목변경도 비영리사업자가 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보아 비과세를 하고 있으며 부동산등기에 대하여도 소유권이전등기 이외에도 부동산 등기에 해당되는 전세권, 저당권, 가등기 등에 대하여도 비과세 대상에 해당되는 것이다.
[사례] 비영리 법인의 부동산 가등기의 비과세 적용 
지방세법 제127조제1항제1호 규정에 의거 종교를 목적으로 하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득등기 하는 부동산에 대하여는 등록세를 비과세 하도록 규정하고 있는 바, 교회가 종교목적에 사용하기 위하여 부동산 매매계약을 체결하고 잔금지급일 전에 소유권이전등기 청구권을 보전하기 위하여 가등기를 행하는 경우 이는 부동산에 대한 등기에 해당하는 것이므로 상기 규정에 의한 등록세의 비과세 대상이 되는 것임(행자부 세정-1452, 2006. 4. 11)

5. 비과세 추징과 정당한 사유

정당한 사유라 함은 그 취득 토지를 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 고유업무에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다.따라서 정당한 사유를 판단하는 경우에는 사실상, 법령상의 귀책사유가 외부적인 사유에 해당하는 경우 정당한 사유로 인정받게 되고 추징대상에서 제외되게 되는 것이다. 

[사례] 증여시 비과세 추징 판단
초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 학교법인이 기존 운영하던 학교를 이축하여 운영하던 중 관할 교육감으로부터 당해 고등학교 교육용 기본재산(학교)을 제3의 학교법인에게 증여하기로 하는 허가를 받아 증여한 후 증여받은 학교에서 계속 학교로 사용하고 있다면 이는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각(증여)한 정당한 사유가 있다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2004-90호, 2004.4.26)이므로 귀문의 경우, 기 비과세한 취득세 등의 추징대상이 되지 아니함(행자부 세정-4085, 2006. 8.31)

[사례] 의료법인이 증여받은 경우 납세자 판단
개인이 소유하고 있던 농지를 의료법인에게 증여하기로 하는 증여계약서를 작성한 후 관할 행정관청에 취득신고를 하였다면 이는 증여가 이루어졌다고 보아야 할 것이므로 증여계약일 이후 상기 농지의 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 수증자인 의료법인이 됨(행자부 세정-69, 2005. 4.7)

행정자치부 지방세정팀 서기관

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