2015년 10월 17일 토요일

토지수용으로 인한 대체취득 비과세

Ⅰ 관계법령 


1. 지방세법 제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】
  ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」ㆍ「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」ㆍ「도시개발법」등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(「관광진흥법」제55조 제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및「농어촌정비법」제30조의 규정에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산 등"이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조 제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(「관광진흥법」에 의한 조성계획고시일 및「농어촌정비법」에 의한 개발계획고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산 등을 취득한 때(건축중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산 등의 가액의 합계액이 종전의 부동산 등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다. (2007.12.31. 개정)부칙
   1. 농지 외의 부동산 등 (2006.12.28. 신설)부칙
    가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역
    나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 내의 지역
    다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도와 연접한 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역. 다만,「소득세법」제104조의 2 제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다.
   2. 농지(제261조 제1항의 규정에 따른 자경농민이 농지경작을 위하여 총보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다) (2006.12.28. 신설)부칙
    가. 제1호의 규정에 따른 지역
    나. 가목 외의 지역으로서「소득세법」제104조의 2 제1항의 규정에 따른 지정지역을 제외한 지역
  ② 제1항의 규정에 불구하고 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우와 대통령령이 정하는 부재부동산소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다. (91.12.14. 개정)부칙
부 칙 (2006.12.28. 법률 제8099호)
① 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 【적용례】 제109조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 보상금을 수령하는 분부터 적용한다.
  2. 지방세법시행령 제79조의 3【수용시의 초과액 산정기준】
    ① 법 제109조 제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다. (86.12.31. 개정)부칙
     1. 부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 사실상의 취득가격에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다. (96.12.31. 개정)부칙
     2. 부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득 외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 시가표준액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등의 매수ㆍ수용ㆍ철거당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다. (96.12.31. 개정)부칙
    ② 법 제109조 제2항에서 "대통령령이 정하는 부재부동산소유자"라 함은「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다. 이 경우 상속으로 부동산 등을 취득하는 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다. (2005.12.31. 개정)부칙
     1. 매수 또는 수용된 부동산 등이 전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지(이하 이 조에서 "농지"라 한다)인 경우에는 그 소재지 구ㆍ시ㆍ군 및 그와 연접한 구ㆍ시ㆍ군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역 (96.12.31. 개정)부칙
     2. 매수ㆍ수용 또는 철거된 부동산 등이 농지가 아닌 경우에는 그 소재지 구(도농복합형태의 시에 있어서는 동지역에 한한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ시(구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시에 있어서는 동지역에 한한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ읍ㆍ면 및 그와 연접한 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면지역 (96.12.31. 개정)부칙

Ⅱ 적용요령

첫째, 부재부동산 소유자 여부를 판단한다.
둘째, 새로 취득한 부동산 등의 소재지가 지방세법 제109조 제1항 각호에 해당하는 비과세 대상이 되는 대체취득지역인 지 여부를 판단한다.
셋째, 관계법령에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게서 마지막 보상금을 받은 날로부터 1년이내에 취득하였는 지를 판단한다.
넷째, 새로 취득한 부동산 등의 가액의 합계액이 종전 부동산 등의 가액의 합계액을 초과하는 지 여부 등을 판단한다.

Ⅲ 부재부동산 소유자 여부 판단(시행령 제79조의 3 제2항)

 「부재 부동산소유자」라 함은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에서 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 1년 이상 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나, 계속하여 1년 이상 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함)를 말하며 이 경우 상속으로 부동산을 취득하는 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다.
1. 매수 또는 수용된 부동산 등이 농지(전·답·과수원·목장용지)인 경우에는
① 그 소재지 구·시·군
② ①과 연접한 구·시·군
③ 그 소재지로부터 20킬로미터 이내의 지역
☞ 수용된 농지가 넓은 경우 또는 부정형농지인 경우에는 농지의 중앙지점을 기준으로 20km 여부를 판단하는 것이 아니라 가장자리를 기준으로 판단함.

2. 매수·수용 또는 철거된 부동산 등이 농지가 아닌 경우에는
① 그 소재지 구·시·읍·면
② ①과 연접한 구·시·읍·면
☞ 도농복합형태의 시·구에서는 동지역에 한한다.


관련사례

1. 대체취득 부재부동산 소유자 판단기준일 질의회신(지방세운영과-2195, 2008.11.17)
  < 질의내용 >
    사업인정고시일 이후에 부동산을 협의매수(수용)한 경우 부재부동산 소유자 판단 기준일이 “계약일” 인지 아니면 “사업인정고시일”인지 여부
  <사실관계>
          - 1995.9.19 : 은평구 진관외동 주택매수 주민등록 전입
           - 2004.2.25 : 사업인정고시
           - 2005.8.26 : 자녀 교육문제로 타구로 전출
           - 2007.9월  : 부동산 협의매수(수용) 계약
   < 회신내용 >
    가. 지방세법시행령 제79조의3제2항에서 법 제109조제2항에서 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자라 함은 사업고시지구 내에서 매수· 수용 또는 철거되는 부동산을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다(각호 생략)고 규정하고 있습니다.
     
    나. 지방세법 제109조제1항 본문 및 위 규정에서 “계약일”과 “사업인정고시일”을 병기한 것은 「공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률」등 관련 법령에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 협의매수(수용) 된 경우, 비록 사업인정고시일 전에 당해 매매계약을 체결하였다 하더라도“계약일”이후에 취득한 대체취득 부동산에 대해서도 사업인정고시일 이후에 대체취득한 부동산에 대한 세제혜택과 동일하게 취득세 등을 비과세하겠다는 취지(행심 2007-32,2007.1.29)라 할 것이므로

    다. 귀문의 경우처럼 사업인정고시일 이후에 부동산을 협의매수(수용)한 경우의 부재부동산 소유자 판단 기준일은 사업인정고시일이라 할 것입니다만, 예외적으로 사업인정고시일 전에 부동산을 협의매수한 경우의 부재부동산 소유자 판단 기준일은 그 협의매수“계약일”을 기준으로 부재부동산 소유자 해당여부를 판단함이 타당하다고 사료됩니다.

2. 대체취득 부재부동산소유자 판단시 사업자등록의 범위 기준
  (지방세법령해석심의위원회 의안번호 제2008-4호 ⇒ 2008.3.27결정)
  가. 질의요지
    ❍ 대체취득에 대한 비과세 적용시 부재부동산소유자를 판단함에 있어서 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산 등이 소재한 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하는 경우에는 부재부동산 소유자에 해당하는바,
    ❍ 사업자등록은 본사(서울)로 되어 있고, 수용된 부동산 등이 소재한 지역(경기도 양주) 내에는 공장등록을 하여 사업을 영위하고 있는 경우, 공장등록도 사업자등록의 범위에 포함할 수 있는지 여부.
  나. 회    답
    ❍ 수용당한 부동산이 위치한 지역에 사업자등록이 되어 있지 않고 공장등록만 되어 있는 경우에, 비록 공장등록을 하고 사업을 영위하고 있다고 하더라도 수용당한 부동산이 소재한 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 사업자등록을 하지 아니한 이상 부재부동산 소유자에 해당되므로 취득세 등의 비과세대상에 해당하지 아니할 것으로 판단됩니다.
  다. 이    유
    ❍ 지방세법 제109조 제2항에서 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고, 지방세법시행령 제79조의 3 제2항에서 “부재 부동산소유자”라 함은 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다고 규정하고 있습니다.
    ❍ 한편, 비과세ㆍ감면과 관련하여 대법원 판례에서도 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며, 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에도 부합한다고 판결(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392)하고 있습니다.
    ❍ 지방세법시행령 제79조의 3 제2항에서 “주민등록”이라 함은 주민등록법에 의한 주민등록을 의미하고, “사업자등록”이라 함은 부가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록을 의미한다 할 것이므로, 당해 규정에 대한 해석은 법문 그대로 엄격히 해석하여야 할 것인바,
    ❍ 개인의 경우에도 매수ㆍ수용ㆍ철거되는 부동산 등이 소재한 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 주민등록을 하지 아니하면 부재부동산 소유자에 해당되는 것과 마찬가지로,
    ❍ 사업자의 경우에도 수용당한 부동산이 위치한 지역에 사업자등록이 되어 있지 않고 공장등록만 되어 있는 경우라면, 비록 공장등록을 하고 사업을 영위하고 있다고 하더라도 수용당한 부동산이 소재한 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 사업자등록을 하지 아니한 이상 부재부동산 소유자에 해당되므로 취득세 등의 비과세대상에 해당하지 아니할 것으로 판단됩니다.

3. 법인분할에 의하여 신설된 법인이 소유하고 있는 부동산이 수용된 경우 부재부동산 소유자 판단은 법인 분할일을 기준으로 하여야 함(행심2008-15, 2008.01.28)
     법인분할에 의하여 신설된 법인이 소유하고 있는 부동산이 수용된 경우 분할전 법인의 설립일을 신설법인의 설립일로 보아 대체취득한 부동산의 취득세 등을 비과세 할 수 있는지 여부에 관한 것으로, 청구인이 비록 이 사건 수용부동산 소재지에서 사업인정고시일 현재 1년 전부터 사업자등록을 하고 있던 이 사건 종전법인으로부터 분할을 통하여 법인을 설립하고 사업을 승계하였다고 하더라도 청구인은 2007.5.7. 이 사건 수용부동산 소재지에 최초로 사업자등록을 하여 사업인정고시일인 2007.3.22. 현재 1년 전부터 이 사건 수용부동산의 소재 구지역이나 연접한 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면지역에 사업자 등록을 한 사실이 없는 이상 지방세법시행령 제79조의 3 제2항의 부재부동산 소유자에 해당한다 할 것이므로 처분청의 이 사건 취득세 등의 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 종중의 경우도 당해 사업인정고시일 현재 1년 전부터 종중 또는 종중의 사업자등록소재지가 수용된 농지소재지에 있으면서 종중 또는 종중원의 경작 여부 등 부재부동산 소유자 여부를 판단하여야 함(행심2007-680, 2007.12.26)
     청구인은 행정자치부 관련예규(세정13407-1344 1995.12.22, 도세13421-229 1993.3.30, 지방세정팀-3944 2005.10.27.) 및 행정자치부 심사청구사례(제2007-232호 2007.4.30.)를 종합해보면 종중은 부재부동산 소유자가 아니므로 이 사건 토지의 취득 등기는 비과세대상에 해당된다고 주장하나, 종중이 부동산을 소유하고 있던 중 그 부동산이 수용된 경우 지방세법 제109조 제2항 규정에 의하여 부재부동산 소유자에 해당되는지 여부에 관하여 2007.3.13 행정자치부의 질의회신(지방세정팀-590호)에서는 종중이 당해 사업인정고시일 현재 1년 전부터 종중 또는 종중의 사업자등록소재지가 수용된 농지소재지에 있으면서 종중 또는 종중원이 경작하고 있었다면 부재부동산 소유자에 해당되지 않는 것으로 종전의 해석을 변경한 바가 있고, 청구인이 들고 있는 행정자치부 심사청구사례(제2007-232호 2007.4.30.)는 종중의 주소(주사무소)지의 소유토지가 수용된 경우로서 이 사건 심사청구와 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다고 할 것이므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

5. 부재부동산소유자 해당 여부는 주택조합을 기준으로 판단하는 것임
   (지방세정팀-2232, 2007.06.13)

【질의】지역주택조합이 사업인정고시일 현재 1년 전부터 부동산소재지관할 자치단체에 사업자등록을 하고 주택건축사업을 추진하던 중 부동산을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 수용된 경우 부재부동산소유자 해당 여부를 판단함에 있어 누구(조합 또는 조합원)를 기준으로 하여야 하는지.
 
【회신】지방세법 제109조 제1항에서「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는 한편, 동법 동조 제2항 및 동법시행령 제79조의 3 제2항에서 부재부동산소유자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등 관계법령의 규정에 의한 사업지구 내에 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 자)가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있음.
          지방세법 제105조 제10항에서「주택법」제32조의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용부동산은 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 것은 주택조합과 조합원의 관계를 별도의 인격체로 보는 경우 이중과세의 문제가 있어 이를 보완하기 위한 것일 뿐으로, 귀문의 지역주택조합은 설립당시 당해 조합원의 자금으로 토지를 취득하고 사업을 영위하고 있다고는 하나, 그 실체에 있어 독립적으로 권리ㆍ의무의 주체가 될 수 있는 민법상 비법인사단으로서 구성원인 조합원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 그 자체가 존속되는 점 등에 비추어 볼 때, 위 규정에 의한 부재부동산소유자 해당 여부는 주택조합을 기준으로 판단함이 타당하다 하겠으므로, 지역주택조합이 사업인정고시일 현재 1년 전부터 부동산소재지관할 자치단체에 사업자등록을 하고 주택건축사업을 추진하던 중 부동산을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 수용된 경우라면 부재부동산소유자에 해당되지 아니한다 할 것임.

6. 부재부동산소유자의 판단기준은 사업인정고시일 현재라고 본 사례
   (행심2007-32, 2007.01.29_)
   
      다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.2.20. 이 사건 수용부동산에서 2002.7.31. 개업한 것으로 하여 부동산임대사업 신고를 하였고, 2003.6.30. 하남 ○○지구 택지개발사업이 인가(건설교통부고시 제2003-168호, 한국토지공사)되었으며, 2003.12.(일자미상) 이 사건 수용부동산에 대해 청구외 한국토지공사와 용지매매계약을 체결하여 2004.1.9. 이 사건 수용부동산에 대한 보상금을 수령하고, 2004.3.29. 이 사건 주택을 취득하였음은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.
      구지방세법 시행령 제79조의 3 제2항에서 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속 사업자등록을 하고 사실상 사업을 한 경우에 부재부동산 소유자에 해당되지 않는다고 규정하고 있는데, 동 규정에서 "계약일"과 "사업인정고시일"을 병기한 것은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관련법령에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수된 경우 비록 사업인정고시 전에 당해 매매계약을 체결하였다 하더라도 "계약일" 이후에 취득한 대체취득 부동산에 대해서도 사업인정고시일 이후에 대체취득한 부동산에 대한 세제혜택과 동일하게 취득세 등을 비과세하겠다는 취지이고, 사업인정고시일 현재 사업기간이 1년 미만이었으나 사업인정고시 후 "사업인정을 받은 자"의 협의매수에 응하지 않고 있던 중 사업기간이 1년을 경과하여 비로소 매매계약을 체결한 경우까지 부재부동산 소유자가 아니라고 한 것은 아니므로 부재부동산 소유자의 판단시기는 사업인정고시일 현재라고 보아야 할 것이며, 청구인의 경우는 부가가치세법 제5조 제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있음에도 2003.2.20. 이 사건 수용부동산에 부동산임대업으로 사업자등록신청을 하면서 개업일을 신고일로부터 6개월 이상 소급한 2002.7.31.로 신고하였음이 ○○세무서 사업자기본사항조회 자료에서 확인되고 있고, 하남 ○○지구 택지개발사업 인가(건설교통부고시 제2003-168호, 한국토지공사)시점이 2003.6.30.이므로 부재부동산 소유자 판단시점인 사업인정고시일(2003.6.30.) 현재는 1년 이상 사업을 계속하였다고 볼 수 없어 청구인은 부재부동산 소유자에 해당된다고 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다.

7. 부동산을 수용, 철거당하거나 협의매도한 자가 협의매매계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 수용된 부동산이 있는 구나 인접한 구에 사업자등록을 한 경우 취득세를 부과하지 아니함에도 이에 대하여 취득세를 부과한 처분은 부당하다는 사례(서울고법2003누16336, 2004.09.22)
     지방세법 제109조 제1항, 제2항, 제127조의 제2항, 지방세법시행령 제79조의 3 제2항에 의하면, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률, 구도시계획법 등에 의하여 부동산 등을 수용, 철거당하거나 협의매도한 자가 1년 이내에 대체부동산을 취득한 때에는 그 취득 및 소유권이전등기 등에 따른 취득세, 등록세를 부과하지 않도록 하되, 부동산 등을 수용, 철거당하거나 협의매도한 자가 협의매매계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 수용 등의 대상이 된 부동산이 있는 구나 인접한 구에 사업자등록을 하지 아니하거나 사업자등록을 한 경우에도 사실상 사업을 하지 않은 경우에는 부재부동산의 소유자로서 취득세 등을 부과하도록 되어 있다. 따라서 원고가 위 사업인정고시일 현재 1년 전부터 서울 마포구나 인접한 구에서 사업자등록을 하고 사업을 한 경우에는 대체토지의 취득 및 그 소유권이전등기에 대하여 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세가 과세되지 않는다 할 것이다.

8. 토지수용으로 인한 대체부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세의 비과세에 대한 예외요건인 "부재부동산소유자"에 해당하지 않기 위한 요건(대법원2000두1836, 2002.8.23.)
     구 지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항의 요건에 해당하는 대체부동산의 취득의 경우라고 하더라도 같은법 제109조 제2항 및 구 지방세법시행령(1996.4.27. 대통령령 제14988호로 개정되기 전의 것) 제79조의 3 제2항이 정한 "부재부동산소유자"의 대체부동산의 취득에 해당하지 아니하여야만 대체부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세가 비과세된다고 할 것이고, 여기에서 말하는 "부재부동산소유자"에 해당하지 않기 위하여는 원칙적으로 사업인정고시일 당시의 소유자로서 수용되는 당해 부동산이 소재하거나 그에 연접한 구·시·읍·면 지역에 1년 이상 주민등록을 하고, 사실상 거주한 사실이 인정되어야 한다.

9. 구 지방세법시행령 제79조의 3 제2항 단서규정의 취지
   (대법원2000두1836, 2002.8.23.)
    구 지방세법시행령(1996.4.27. 대통령령 제14988호로 개정되기 전의 것) 제79조의 3 제2항 단서에서 "상속으로 부동산을 취득하는 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다."는 규정을 두어 예외를 인정하는 취지는 피상속인이 수용되는 당해 부동산이 소재하거나 그에 연접한 구·시·읍·면 지역에 주민등록을 마치고 사실상 거주한 경우 만약 그가 사망하지 않고 생존하였더라면 사업인정고시일 현재 1년간의 주민등록과 거주라는 요건을 구비하여 대체부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세를 비과세받을 수 있었을 것인데, 피상속인이 1년간의 주민등록과 거주라는 요건을 갖추기 전에 사망하고, 상속인도 미처 1년간의 주민등록과 거주라는 요건을 갖추지 못한 상태에서 사업인정고시가 됨으로써 피상속인의 사망에 따른 거주기간의 중단으로 인하여 상속인이 입게 되는 불이익을 구제하기 위하여 피상속인의 거주기간을 상속인의 거주기간과 합산하고자 하는 데에 있다.

10. 사업인정고시일 전에 피상속인이 수용되는 당해 부동산이 소재하거나 그에 연접한 구·시·읍·면 지역에서 사실상 거주하였으나 주민등록을 마치지 아니한 경우, 피상속인의 거주기간을 상속인의 거주기간과 합산할 수 있는지 여부(대법원2000두1836, 2002.8.23.)
     사업인정고시일 전에 피상속인이 수용되는 당해 부동산이 소재하거나 그에 연접한 구·시·읍·면 지역에서 사실상 거주하였으나 주민등록을 마치지 아니하였거나 그와 반대로 위의 지역에 주민등록을 하였더라도 사실상 거주하지 아니한 경우에는 설령 사업인정고시일 현재 피상속인이 사망하지 아니하였다고 하더라도 그 피상속인은 "부재부동산소유자"에 해당하여 대체부동산의 취득에 따른 취득세와 등록세에 대하여 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항 및 제127조의 2 제2항이 적용되어 비과세될 여지가 없게 되므로, 구지방세법시행령(1996.4.27. 대통령령 제14988호로 개정되기 전의 것) 제79조의 3 제2항 단서에 의하여 피상속인의 거주기간을 상속인의 거주기간에 합산함으로써 대체부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세가 비과세되기 위하여는 피상속인이 수용되는 당해 부동산이 소재하거나 그에 연접한 구·시·읍·면 지역에 주민등록을 마치고 사실상 거주를 하고 있어야 하고, 피상속인이 위의 지역에 사실상 거주하였으나 주민등록을 하지 아니한 경우에는 피상속인의 거주기간을 상속인의 거주기간과 합산할 수 없다.

11. 연접한 구가 아닌 곳으로 주민등록을 이전한 경우 부재부동산소유자가 부동산을 대체 취득하는 경우에 해당하는지 여부(행심2002-227, 2002. 6.24.)
     택지개발사업지구 내의 부동산소유자로서 택지사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 수용부동산소재지 (성북구)및 그와 연접한 지역에 주민등록이 되어 있는 경우 토지수용에 따른 대체취득부동산으로 이 사건 아파트에 대한 취득세 등이 비과세될 것이지만, 청구인의 경우 택지개발사업인정고시일 현재 수용부동산소재지와 연접하지 않은 다른 지역(도봉구)으로 주민등록을 이전하였다가 사업인정고시일 현재 약 3월 전에 수용부동산소재지로 다시 주민등록을 이전한 사실이 청구인의 주민등록표에서 확인되고 있으므로 청구인은 부재부동산소유자가 이 사건 아파트를 대체 취득한 경우에 해당되므로 취득세 등 비과세대상에 해당된다고 할 수 없음.


Ⅳ 비과세 대상이 되는 대체취득지역인 지 여부 판단


1. 농지(자경농민이 농지경작을 위하여 보상금액의 50%미만금액으로  취득하는 주택 포함)
  가· 매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도내의 지역
  나· ‘가’이외의 지역으로서 매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 시·군·구와 연접한 시·군·구내의 지역
  다. 매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도와 연접한 특별시·광역시·도(다만, 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다)
  라. 가,나,다 외의 지역으로서 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역을 제외한 지역

2. 농지외의 부동산(나대지, 임야, 아파트 등)
  가· 매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도내의 지역
  나· ‘가’이외의 지역으로서 매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 시·군·구와 연접한 시·군·구내의 지역
  다. 매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도와 연접한 특별시·광역시·도(다만, 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다)

☞ 비과세 대체취득지역 요약
1. 특별시·광역시·도내에서의 대체취득 : 모든 부동산 대체취득 가능
모  든
부동산서울
  ※ 서울특별시 내에서 토지 수용후 서울특별시 내의 대체취득은 모든 부동산 가능
2. 특별시·광역시·도간 연접지역에서의 대체취득 : 매수지역이 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역이 아닌 경우에는 모든 부동산 대체취득 가능
경기,인천 모  든
 부동산서울
  ※ 서울특별시 외에서 토지 수용후 서울특별시 내의 대체취득은 불가능하였으나, 2008.11.7 강남구, 서초구, 송파구 제외하고는 지정지역에서 해제
3. 시·군·구간 연접지역에서의 대체취득 : 모든 부동산 대체취득 가능
 모  든
 부동산

4. 농지를 취득하는 경우 : 매수지역이 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역이 아닌 경우에는 전국 어디서나 농지취득 가능
  ※ 서울특별시는 해당되는 경우가 없었으나 2008.11.7 강남구, 서초구, 송파구 제외하고 지정지역에서 해제

관련사례
1. 대체취득에 따른 부재부동산소유자 여부 판단시 계약일 또는 사업인정고시일 현재를 기준으로 부동산소유자 주소지와 부동산소재지 연접 여부를 판단하는 것임
   (세정과-945, 2005.03.02) 
【회신】
  부동산을 취득할 당시에는 취득자의 주소지와 부동산소재지가 연접된 자치구였으나 행정구역개편으로 분구되어 계약일 또는 사업인정고시일 현재에는 부동산소재지와 소유자 주소지가 연접되지 않은 상태에서 지방세법 제109조 제1항 및 동법시행령 제79조의 3 제2항의 규정을 적용하여 대체취득에 따른 부재부동산 소유자 여부를 판단시는 계약일 또는 사업인정고시일 현재를 기준으로 부동산소유자 주소지와 부동산소재지 연접 여부를 판단하는 것이 타당함.

2. 부재부동산소유자에 해당하는지 여부(행심2001-560, 2001.11.26.)
     1990.11.9.부터 수용부동산소재지에 사업자등록을 하고 수용당시까지 계속하여 사업을 영위하고 있었고, 수용부동산소재지와 연접한 구에 주민등록을 두고 거주하고 있었으며, 청구인의 처가 사업자등록을 하고 사업을 영위하고 있었으므로, 부재부동산소유자에 해당되지 않는다고 주장하지만, 청구인이 주민등록을 두고 있던 서울특별시 동작구는 수용부동산소재지인 마포구와 한강을 경계로 하여 구분된 지역으로서 행정구역에 대한 지적도상 연접한 구에 해당되지 않으며, 또한 청구인은 2001.2.12.에 신규로 사업자등록을 교부받으면서 1998.7.1.부터 사업을 개업하고 있었다고 기재하고 있으나 사실상 개업 여부를 확인할 수 있는 근거가 불명확하므로 사업인정고시일 이전에 계속하여 1년 이상 사업자등록을 하고 사업을 영위한 것으로 볼 수는 없다 하겠으며, 또한 청구인의 처는 청구인이 부동산수용으로 인하여 대체취득한 부동산에 대하여 취득세 등 비과세대상인지 여부를 판단함에 있어서 직접적인 당사자에 해당되지 않는다 하겠으므로, 비록 청구인의 처가 수용부동산에서 사업자등록을 하고 사업을 하였다 하여 청구인이 취득한 이 사건 토지를 취득세비과세대상으로 인정할 수는 없는 것이라 하겠으므로, 처분청이 청구인으로부터 취득세 등을 수납하여 징수결정한 처분은 아무런 잘못이 없는 것이라 하겠다.

3. 토지수용 등에 의한 부동산 대체취득시 취득세 등 비과세 제외되는 부재부동산소유자에 대한 규정의 위헌 여부(헌재97헌마60, 1999.06.24.)
     지방세법 제109조에 의하면 토지수용 등으로 부동산미매수 또는 수용된 자가 대체취득한 부동산에 대하여 부재부동산소유자가 아닌 한 취득세와 등 록세를 부과하지 아니하며 부재부동산소유자는 구를 둔 시의 경우에는 수용되는 부동산소재지 구(區) 및 그와 연접한 구(區)에 1년 이상 거주하고 있지 아니한 자로 규정하고 있으며 신고납부세액의 경우 세법에 의해 신고납부하지 아니하거나 신고납부하여야 할 세액에 미달될 때에는 부과징수의 방법에 의해 징수하므로 종국적으로 과세처분이라는 집행행위를 통해 기본권침해가 현실화된다는 점에서 부과징수와 다를 바 없으므로 부재부동산소유자로서 대체취득부동산에 대한 취득세 등을 신고납부하지 아니한 경우 기본권침해의 직접성이 없는 법령조항을 그 대상으로 한 것으로 법령에 대한 헌법소원요건을 갖추지 못하여 각하한다.
   <내무부장관의 의견>
     사업고시지구 내에서 계속하여 거주 또는 사업을 하지 아니하였던 부재부동산소유자 이른바 부재지주의 경우에는 주거의 안정이나 생업의 계속 등 부동산의 효율적 활용을 위한 것이 아니라 오로지 재산의 증식수단으로 부동산을 취득하는 것이나 다를 바 없어 이를 정책적으로 억제해야 할 필요성이 있으므로 부재 부동산 소유자의 대체취득에 대해서는 취득세를 과세하도록 한 것이다.
     이 사건 조항은 부재부동산소유자의 판단에 있어 법적 안정성ㆍ예측가능성 등을 종합적으로 고려하여 일반적ㆍ객관적 요소인 행정구역을 원칙적 기준으로 하되 최소한의 예외기준을 인정한 것으로, 수용 등에 의한 대체취득시 취득세비과세제도의 객관적ㆍ합리적 운영을 기하려는 취지이다.

4. 성남시 분당구 소재 임야의 수용으로 받은 보상비로 서울시 서초구 소재부동산을 취득하는 것은 두 지역이 연접되어 있으므로 부재부동산 소유자에 해당하여 대체취득으로서 취·등록세가 비과세됨(도세13421-653, 1993.08.03.) - 참고용
   <질의내용>
    가. 선대로부터 내려온 본인명의의 임야가 도로법 제25조에 의거 수용되어 1992.12.15.자로 보상을 받았읍니다.
        수용물건소재지 : 성남시 분당구 운중동 산 30-4
    나. 상기 수용에 따른 보상비로 별첨2와 같이 1993.8.10.자로 서울 서초구 반포동 714-26에 대체 취득물을 취득예정에 있읍니다.
    다. 상기 취득물에 대한 취득세 및 등록세:
       - 성남시의 분당구가 지방자치구가 아니고
       - 성남시는 서울특별시 서초구와 연접하여 있으므로 지방세법 제109조에 따라 면제되어야 할 것으로 사료되는 바
          이에 대한 유권해석을 조속히 회신하여 주시기 바람.
   <회신내용>
     지방세법 시행령 제79조의3 제2항에 규정된 구라 함은 지방세법 제1조 제1호에 규정된 구로서 특별시와 직할시의 구를 의미하므로 귀문의 경우 자치구(서울 서초구)와 성남시가 연접되어 있어 부재부동산소유자에 해당되지 아니하며 지방세법 제109조 및 제127조의 2의 규정에 의거 대체부동산을 취득. 등기하는 때에는 취득세 및 등록세가 비과세됨.

Ⅴ 1년이내에 취득하였는 지의 판단

 
구분
내용
관계법령 및 사업주체
1. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률, 도시개발법 등 관계법령에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자
2. 관광진흥법 및 농어촌정비법에 의한 사업시행자
수용된 자
1. 부동산 등이 매수․수용․철거된 자
2. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 사업시행자에 매도한 자 및 제81조의 규정의 이주대책의 대상이 되는 자
취득계약 등
계약일(공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 계약일) 또는 사업인정고시일 이후에 계약을 체결하거나 건축허가
대체취득 기간
<시기> 계약일 또는 사업인정고시일로부터 
<종기>다음의 기한까지
1. 보상금을 마지막으로 받은 날
2. 사업인정 받은 자 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날
3. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 보상권을 채권으로 지급받은 경우는 채권상환기간 만료일
 
                        부터 1년 이내
대체취득 
대체취득할 부동산을 취득한 때(건축중인 주거용 부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)   
비과세 범위
새로 취득한 부동산가액 합계액이 종전 부동산가액 합계액 범위내 - 종전부동산가액의 시가표준액 산정기준(행자부 지방세정팀-152, 2005.12.20)
1. 사업인정고시일 이후 보상금 수령전 : 사업인정고시일
2. 사업인정고시된 이후 협의매매계약일부터 수용일 이전 : 협의매매 계약일
3. 사업인정고시된 이후 수용일 또는 보상금 수령일 이후 : 수용(재결․화해)일
제외
1. 별장, 골프장, 고급주택, 고급오락장, 고급선박 등 중과대상
2. 부재부동산소유자가 부동산을 대체취득하는 경우


☞ 사업인정을 받은 자가 아닌 행정관청과의 단순한 협의에 의하여 부동산이 매매된 것이라면 비과세되지 아니함(내무부 도세22670-738, 1992.10.7)
☞ 비과세 대상자의 적용범위 : 개인(개인사업자 포함), 단체 및 법인, (단, 세입자의 경우에는 보상금을 받은 경우라도 제외됨)

관련사례

1. 소유 부동산이 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 수용되어 토지 보상금과 건축물 보상금을 각각 별도 수령하는 경우 동일 택지개발지구 내의 토지와 건축물에 대한 보상금을 합한 가액 범위 내에서 대체취득시 비과세되는 것임
   (지방세운영과-77, 2008.06.10)
【질의】
  택지개발예정지구로 지정고시된 이후 토지 보상금을 수령하였으나 주택에 대한 보상금은 수령하지 않은 상태에서 건축물 신축 및 농지를 취득하여 주택에 대한 보상금을 마지막으로 수령하는 경우 대체취득에 따른 취득세 등의 비과세에 해당하는지 여부
  ○ 2004.12.30.: 택지개발 예정지구 지정고시
  ○ 2006.11.22.: 토지에 대한 보상금 수령
  ○ 2007.7.14.: 건축허가
  ○ 2008.4.11.: 사용승인(취득ㆍ등록세 납부)
  ○ 2008.6.: 농지취득 예정
  ○ 2008.8.: 주택 및 지장물에 대한 보상금 수령 예정
 
【회신】
  가. 지방세법 제109조 제1항 본문에서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의거 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산 등을 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니함. 다만, 새로 취득한 부동산 등의 가액의 합계액이 종전의 부동산 등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호 및 제2호에서 부동산 등의 대체취득이 가능한 지역을 규정하고 있으며, 동조 제2항에서 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령이 정하는 부재 부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있음.
  나. 토지수용 등으로 인한 대체취득 비과세 여부는 ①부재 부동산 소유자에 해당하지 아니하여야 하고, ②사업인정고시일 이후 대체취득할 부동산의 계약을 체결하거나 건축허가를 받아야 하며, ③대체취득하는 부동산 이 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역 등(지방세법 제109조 제1항 각 호 참조)에 해당하여야 하고, ④보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 대체할 부동산을 취득하여야 하며, ⑤수용된 부동산가액의 범위 내에서 대체취득하여야 취득세 등을 비과세하는 것이므로
  다. 귀문의 경우 소유하고 있던 부동산이 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 수용되어 토지 보상금과 건축물 보상금(지장물보상금 포함)을 각각 별도로 수령하는 경우라면 사업인정고시일 이후 대체취득부동산에 대한 건축허가를 받거나 계약을 체결하여 건축물 보상금을 수령한 날부터 1년 이내에 다른 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세 등의 비과세대상이라 할 것으로, 동일 택지개발지구 내의 토지와 건축물에 대한 보상금을 합한 가액 범위 내에서 대체취득시 비과세되는 것이나, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 부재 부동산 소유자에 해당하지 아니하는지 여부, 사업인정고시일 이후에 대체부동산에 대한 건축허가를 받거나 계약을 체결하였는지 여부, 대체취득 비과세가 가능한 지역인지 여부 등을 사실확인하여 판단할 사항임.
 
2. 청구인이 사업인정을 받은 자의 사정으로 토지를 보상금 수령일로부터 1년 이내에 대체취득하지 못하고 특별분양 일정에 따라 취득이 가능한 날 즉시 취득하였으므로 토지수용 등 대체취득에 대한 비과세요건을 충족하였는바 사건 부과처분은 부당하다는 사례(감심2008-102, 2008.04.03)
  택지개발사업지구 내 토지를 수용당한 자가 사업시행자로부터 사업지구 내 단독주택용지를 특별분양받느라 보상금 수령 후 1년 이상 경과하여 대체취득한 경우 취득세 등이 비과세대상인지 여부로
 청구인이 수용부동산을 대신하여 대체취득을 함에 있어서 사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에 해당하는지를 살펴보면, ○○○○○○이 사업지구 내 부동산 등을 수용하느라 시간이 소요되어 2003.11.3.에서야 사업지구 내 편입 부동산 소유자에 대한 이주대책을 수립하게 되었고 그 대책에 따라 청구인은 사업지구 내 새로 조성된 단독주택용지 특별공급대상자에 해당되어 사업자가 제시한 일정에 따라 2003.11.14. 이주대책(이주자택지)신청을 하였고 ○○○○○○은 단독주택용지를 조성하는 데 시간이 소요되어 분양계약이 가능한 2005.8.30.에야 이 사건 토지가 속해 있는 단독주택용지 특별분양 계약체결 안내문을 발송하였고 청구인은 이 계약체결 안내문에 따라 계약기간인 2005.9.15. 이 사건 토지에 대한 분양계약을 체결하고 사업시행자가 사업진행 진도를 감안하여 제시한 계약일정대로 2006.7.14. 중도금을, 2007.4.30. 잔금을 각각 지급하고 이 사건 토지를 취득한 사실을 볼 때 청구인으로서는 이 사건 토지의 취득이 가능한 날 즉시 취득하였다고 볼 수 있을 것이고 이 사건 토지를 보상금 수령일로부터 1년 이내에 대체취득하지 못한 것은 사업인정을 받은 ○○○○○○의 사정에 기인된다 할 것이다.
  따라서 청구인이 사업인정을 받은 자의 사정으로 이건 토지를 보상금 수령일로부터 1년 이내에 대체취득하지 못하고 특별분양 일정에 따라 취득이 가능한 날 즉시 취득한 이상 이는「구지방세법」제109조 제1항에서 규정하고 있는 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세요건에 해당된다 할 것이므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 할 것이다.

3. 보상금 수령일부터 1년을 경과한 준공검사(행심 제2007-489호, 2007.10.1)
 ㅇ 건축주가 건축법령에 따라 공동으로 건축허가를 받은 다음 보상금 수령 후 1년을 초과하여 원시취득 한 공동주택도 주거용 건축물을 분양계약 체결하는 경우와 같이 대체취득 비과세대상으로 볼 수 있는지 여부
 ㅇ 「지방세법」 제109조 제1항에서는 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세는 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정 고시일 이후에 대체취득 할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 대체 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다고 하며, 지방세법시행령 제73조 제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용 일을 취득일로 본다고 규정하고 있음으로
 ㅇ 건축주가 주택을 분양받은 것이 아니라 자신이 건축허가를 받아 원시취득 한 것이고 이를 1년 내 취득하지 못한 경우라면 대체취득에 의한 비과세 대상으로 볼 수 없음

4. 사업인정을 받은 자의 사정으로 보상금 수령일부터 1년 이내에 대체 부동산을 취득하지 못한 사유에 해당되는지 여부와 초과액 산정(지방세정팀-3023, 2007.8.2)
  가. 구 지방세법(2006.12.28. 법률 제8101호로 개정되기 전의 것) 제109조제1항 및 같은 법 제127조의2제2항에서 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체 취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날)에는 그 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세한다고 규정하고 있습니다.
  나. 도시계획사업에 따른 사업인정을 받은 자에게 부동산 협의매수에 응하면서 국민주택 특별공급 대상자로 통보받고 부동산 수용에 따른 보상금을 수령하였으나, 그 보상금 수령일부터 1년 이내에 특별공급하는 국민주택이 완공되지 아니하여 취득이 이루어지지 아니하였다면 이는 사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에 해당된다 할 것으로,
  다. 귀 문의 경우 비록 도시계획사업(묵동 172~95간 도로개설공사외 1개 사업)에 따른 사업시행자는 서울특별시 중랑구청장이고 국민주택 특별공급 예정지의 택지개발사업시행자는 에스에이치(SH)공사라고는 하나, 「서울특별시 철거민 등에 대한 국민주택 특별공급규칙」에서 “철거민”을 정의하면서 서울특별시의 범위에 에스에이치(SH)공사와 자치구를 포함하고 있는 점, 동 규칙의 적용범위를 서울특별시, 에스에이치(SH)공사 및 자치구가 시행하는 사업의 추진 또는 재해로 인하여 발생하는 철거민에 대한 국민주택등의 특별공급에 관하여 적용토록 하고 있는 점, 특별공급하는 국민주택의 범위에 서울특별시 행정구역 안에서 에스에이치(SH)공사가 건립하는 국민주택을 포함하고 있는 점, 서울특별시 중랑구청장이 국민주택 특별공급 대상자로 통보하면서 장지지구(송파구 소재) 또는 발산지구(강서구 소재) 아파트에 대하여 국민주택 특별공급 신청을 하도록 안내하였던 점(토목58342-348, 2003.1.29. ; 주택58342-2937, 2003.10.29) 등에 비추어 볼 때 이는 사업시행자의 사정으로 기간 내에 대체취득이 이루어지지 아니한 경우에 해당된다고 봄이 타당하다(행정자치부 지방세정팀-300, 2005.12.30. ; 행정자치부 심사결정 제2006-135호, 2006.3.27. 참조) 하겠으므로, 취득이 가능한 날인 에스에이치(SH)공사로부터 특별공급 국민주택에 대한 분양시행을 통보 받은 날부터 1년 이내에 에스에이치(SH)공사가 건축하는 주택을 취득하는 경우라면 위 규정에 의한 비과세대상이 되는 것이라 할 것이나, 이에 해당되는지 여부는 관련자료 등 사실관계를 과세권자가 확인하여 판단할 사항이라 하겠고,
  라. 다만, 지방세법 제109조제1항 단서 및 같은법시행령 제79조의3제1항제1호에서 부동산 등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당되는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 사실상의 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산 등의 보상금액을 감한 금액에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있으므로, 귀 문의 경우 대체취득한 부동산의 사실상 취득가격(229,637천원)에서 종전 부동산의 보상금(104,000천원)을 감한 금액에 대하여는 취득세 등을 부과하는 것입니다.

5. 토지보상금을 수령한 이후 지장물 보상금을 포함한 건축물 보상금을 수령한 날부터 1년 이내에 다른 부동산을 대체취득하는 경우 취득세 등의 비과세대상이 되는 것임
   (지방세정팀-141, 2007.02.09) 
【질의】
  소유하고 있던 부동산이 토지를 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 수용된 후 2005.6.27. 토지보상금을 수령하고 2006.2.7. 건축물 보상금(지장물 보상금 포함)을 각각 수령한 경우 건축물 보상금 수령일부터 1년 이내에 다른 부동산을 대체취득시 취득세의 비과세대상이 되는지.
 
【회신】
  1.「지방세법」제109조 제1항(2006.12.28. 법률 제8099호로 개정되기 이전의 것)에서 관계법령의 규정에 의거 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내에 대체할 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하나 동법 시행령 제79조의 3 제2항 규정에 의한 부재부동산 소유자는 취득세를 과세한다고 규정하고 있음.
  2. 소유하고 있던 부동산이 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 수용되어 토지보상금과 건축물 보상금(지장물 보상금 포함)을 각각 별도로 수령한 경우라면 토지보상금을 수령한 이후 지장물 보상금을 포함한 건축물 보상금을 수령한 날부터 1년 이내에 다른 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세 등의 비과세대상이 된다 할 것임.
6. 신도시사업지구 내에 토지를 소유한 자가 신도시개발사업인정고시 전에 대체취득할 부동산계약을 체결한 경우 취득세가 비과세되지 아니하는 것임
   (지방세정팀-16, 2007.01.31) 
【질의】
  신도시 추진발표가 된 사업지구 내에 토지를 소유한 자가 사업인정고시 전 대체취득할 부동산의 매매계약을 먼저 체결한 후 사업인정고시가 된 상태에서 토지를 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자와 협의매수계약을 체결하고 보상금을 수령하기 전ㆍ후로 사업인정고시 전 취득하기로 계약체결한 부동산의 잔금을 지급한 경우 취득세 등의 비과세대상이 되는지.
 
【회신】
  1.「지방세법」제109조 제1항(2006.12.28. 법률 제8099호로 개정되기 이전의 것)에서 관계법령의 규정에 의거 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세 등을 부과하지 아니하나 동법 시행령 제79조의 3 제2항 규정에 의한 부재부동산 소유자는 취득세를 과세한다고 규정하고 있는바,
  2. 신도시사업지구로 지정된 지구 내에 토지를 소유하고 있는 자가 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자와 협의매수 계약의 체결 또는 수용되지 않은 상태에서 당해 신도시개발사업인정고시 전에 대체취득할 부동산의 계약을 체결한 경우라면 상기 규정에 의한 취득세 등의 비과세대상으로 보기 어렵다고 판단됨.

7. 사업인정고시일 이전에 토지를 수용할 수 있는 자에게 협의매도하는 경우로 계약체결일부터 마지막 보상금을 받은 날부터 1년 이내에 다른 부동산을 대체취득하는 경우 취득세가 비과세되는 것임(지방세정팀-192, 2007.01.11)
【질의】
  경기도 고양시 ○○택지개발지구 지정일은 2004.12.30.이고 사업인정고시일은 2006.12.11.인바, 택지개발사업지구 내에서 소유하고 있던 토지 등을 지구 지정일 이후 사업인정을 받은 자에게 협의매도하였으나 사업인정고시일(2006.12.11.) 이전에 다른 부동산을 대체취득하거나 대체취득하기 위한 계약을 체결한 경우 취득세 등의 비과세대상이 되는지.
 
【회신】
  1.「지방세법」제109조 제1항(2006.12.28. 법률 제8099호로 개정되기 이전의 것)에서 관계법령의 규정에 의거 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내에 대체할 부동산을 취득할 때에는 그 취득에 대한 취득세 등을 부과하지 아니하나 동법 시행령 제79조의 3 제2항 규정에 의한 부재부동산 소유자는 취득세를 과세한다고 규정하고 있음.
  2. 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 소유하고 있던 부동산을 협의매도하고 당해 사업인정고시일 이전에 다른 부동산을 대체취득하기 위한 매수계약을 체결한 경우 대체취득에 따른 비과세 기간의 적용시기는 당해 부동산의 계약일부터 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내까지를 말하는 것이므로 사업인정고시일 이전에 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 소유하고 있던 토지 등을 협의매도하는 계약을 체결한 경우라면 매도계약체결일부터 마지막 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내에 다른 부동산을 대체취득하는 경우 취득세 등의 비과세대상이 된다 할 것임.

8. 사업인정고시일 이전에 매매계약을 체결하고 사업인정고시일 이후 부동산을 취득한 경우 대체취득에 따른 취득세 등의 비과세 대상 해당 여부 (행정자치부 심사청구 제2007-149, 2007.3.26)
     지방세법 제109조 제1항에서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득 할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득세를 부과하지 아니하고, 같은법 제127조의2 제2항에서 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기ㆍ등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정되어 있음
     조세의 규정은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 것으로, 사업인정고시일 이전에 부동산 매매계약을 체결하고 잔금은 종전 소유부동산 수용에 따른 보상금을 수령한 후 그 대금으로 지불하였다 하더라도, 사업인정고시일 이전에 매매계약을 체결한 부동산에 대하여는 비록 사업인정고시일 이후에 취득을 하였더라도 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세 대상에 해당되지 않음

9. 건축물을 신축하여 1년을 경과하여 분양계약을 체결하는 경우
   (행정자치부 지방세정팀-3470, 2006.8.3)
 ㅇ 지방자치단체에서 시행하는 도로확장공사 시행으로 소유하고 있던 부동산이 수용되어 보상금을 받아 건축물을 건축하는 경우 마지막 보상금 수령일부터 1년 이내에 건축물 사용(준공)검사를 받지 못한 경우 취득세 등의 비과세 대상이 되는지 여부
 ㅇ 지방세법 제109조제1항 및 제127조제2항에서 토지등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 도는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 사업인정고시일 이후에 이에 대체할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산을 취득하여 등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 비과세 하도록 규정하고 있음.
 ㅇ 소유하고 있던 부동산이 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 수용(협의매수)되어 보상금을 모두 수령한 경우 마지막 보상금 수령일부터 1년 이내에 다른 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것이나 대체취득하는 건축물을 신축하는 경우 신축건물의 사용(준공)검사일이 마지막 보상금 수령일부터 1년이 초과된 경우라면 상기 규정에 의한 취득세 등의 비과세 대상이 되지 아니함. 끝.

10. 보상금 수령 전 은행융자로 대체 취득 (지방세정팀-1626, 2006.4.21)
 ㅇ 소유하고 있던 부동산이 관련 법령의 규정에 의한 사업인정고시일 이후 수용되었으나, 보삼금을 받기 전에 은행융자금으로 다른 부동산을 대체취득 하는 경우 취득세 등의 비과세 대상이 되는지 여부
 ㅇ 지방세법 제109조제1항 및 제127조제2항에서 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자 에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 이에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산을 취득하여 등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 비과세 하도록 규정하고 있음
 ㅇ 상기 규정에 의한 부동산 수용으로 다른 부동산을 대체취득하는 경우 그 대체취득 기간은 사업인정고시일 이후 마지막 보상금을 받은 날부터 1년 이내에 대체취득하면 비과세 하는 것이므로 동 기간 내에 토지수용에 따른 보상금이 아닌 은행융자금으로 다른 부동산을 대체취득하는 경우에도 상기 규정에 의한 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것임.

11. 토지수용에 따라 대체취득한 부동산으로서 취득세 등 비과세대상에 해당하는지 여부   (행심2002-252, 2002.6.24.)
     토지수용법의 규정에 의하여 사업시행자가 토지수용위원회가 재결한 토지수용보상금을 공탁한 경우에 그 공탁은 시행자가 토지소유자에 대하여 부담하는 토지수용에 따른 보상금지급의무의 이행을 위한 것으로서 민법상 변제공탁과 그 성질이 다를 바 없으며, 변제공탁제도는 채무자가 공탁의 목적물을 공탁소에 공탁함으로써 채무를 면하게 하는 변제자를 위한 제도로서 사업시행자가 공탁을 하였다 하더라도 그 공탁한 사실만으로 채권자인 청구인이 이를 수령한 효과가 발생하였다고 볼 수는 없고, 토지 등의 수용에 따라 대체취득한 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하는 입법취지가 당사자의 의사가 아니라 법률의 규정에 의하여 토지수용이 이루어짐으로써 이로 인한 토지소유자들의 손실을 보전하기 위하여 지급받은 보상금의 범위 내에서 새로이 부동산을 취득하는 경우 지방세 비과세혜택을 부여하는 데 있는 것임을 고려할 때, 이 사건의 경우에 청구인이 보상금수령을 거부하고 중앙토지수용위원회의 이의재결을 거쳐 행정소송을 제기하였다가 소를 취하하고 공탁된 보상금을 수령한 날을 마지막 보상금 수령일로 보아야 할 것으로서, 청구인이 공탁된 보상금을 수령한 날로부터 1년 이내에 취득한 이 사건 부동산은 토지수용에 따른 대체취득부동산으로서 취득세와 등록세 비과세대상에 해당한다고 보아야 함

Ⅵ 토지수용에 따른 초과액 여부 판단

1. 부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 사실상의 취득가격에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다. (96.12.31. 개정)부칙
2. 부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득 외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 시가표준액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등의 매수ㆍ수용ㆍ철거당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다. (96.12.31. 개정)부칙

관련사례

1. 대체취득 비과세 관련 질의회신(서울시 세제과-3951, 2007.3.30)
  <질의내용>
《질의1》
□ 대체취득하는 부동산의 매도인이 개인인 경우 과세표준액(용도:공장)
(갑설) 시가표준액 적용
- 이유 : 지방세법 제111조 제5항 제5호 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의한 검증이 이루어진 취득으로 볼 수 없음(위 법 제28조 규정의 검증대상은 주택 또는 나대지에 한하여 검증대상이므로 공장용건축물은 검증대상에서 제외.)
(을설) 취득신고가액 적용
- 이유 : 법 개정전에는 취득신고가액을 실거래가가 아닌 시가표준액에 맞추어 신고 하였으나,  2006.1.1부터는「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제27조의 규정에 의하여 실거래가를 신고하기 때문에 실거래가를 인정하여 취득신고가액을 적용하여야 함.
〈우리구 의견〉갑설이 타당 함.

《질의2》
□ 수용부동산의 시가표준액 계산시 허가 받지 않은 무허가 건물 포함 여부
(갑설) 무허가 건물도 포함하여 시가표준액 계산
- 이유 : 지방세법 시행령 제77조【취득당시의 현황부과】규정에 의거 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 부과하므로 수용당시 무허가 건물이 보상 부동산에 포함되어 있다면 수용부동산의 시가표준액에 포함하여 계산.
(을설) 무허가 건물은 시가표준액 계산시 제외 하여야 함
- 이유 : 무허가 건물이라고 하더라도 관할부서에 취득 신고를 하고 과세대장에 등재 되어 있어야 하나 보상금을 수령하기 위하여 일시적으로 설치 할 수 있는 개연성이 있으며, 또한 과세대장에 등재가 되어 있지 않으면 신축년도 및 구조를 알 수 없어 시가표준액을 산정 할 수 없음.
〈우리구 의견〉갑설이 타당 함.
< 회신내용>
      가. 지방세법 제109조 제1항에서“「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은날부터 1년 이내에 부동산을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고, 같은법시행령 제79조의 3 제1항제1호에서“부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 사실상 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산 등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다.”라고 규정하고, 제2호에서는

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